Die Ursprünge des Wissenschaftlichen Vereins bzw. dessen Vorgängervereinen reichen bis in das Jahr 1854 zurück. Durch Rundschreiben vom 12. November 1854 wurde zur Begründung einer "Literarischen Gesellschaft" aufgefordert. Am 20. Dezember 1854 fand die offizielle Gründung des Vereins als "Wissenschaftlicher Verein" statt, ein Statut von 11 Paragrafen wurde festgelegt und ein Vorstand gewählt.

In den Folgejahren wurden unter Regie des Vereins zahlreiche Veranstaltungen - teils mit Vorträgen auswärtiger Wissenschaftler - durchgeführt, Spenden gesammelt und mehrere Gedenktafeln für Persönlichkeiten der Stadt gestiftet. Einen Höhepunkt stellte das 75jährige Stiftungsfest am 5. Januar 1930 dar, welches mit einem Festakt im Stadttheater begangen wurde.

Im Jahr 1933 vereinigten sich der Wissenschaftliche Verein und der am 1. Oktober 1883 unter dem Namen „Männerbildungsverein“ gegründete Verein zu einem neuen Verein mit dem Namen "Verein für Wissenschaft und Bildung e.V.". Durch den Zusammenschluss steigt auch die Anzahl der Mitglieder deutlich an.

Die politischen und ideologischen Veränderungen im Land führten im Jahr 1940 zu einer abermaligen Umbenennung des Vereins zum "Reichswerk Buch und Volk - Verein für Wissenschaft und Bildung". Wohl auch durch die Kriegshandlungen sind in den Folgejahren keine nennenswerten Aktivitäten dieses Vereins bekannt.

Die Zerstörung der Stadt und das Kriegsende besiegelte das Schicksal aller Nordhäuser Vereine. Ohne offiziell aufgelöst zu sein, stellten sie ihre Arbeit ein.

In der Zeit nach dem zweiten Weltkrieg, über die gesamte Periode der DDR, ruhten zwar die Aktivitäten der wissenschaftlichen Vereine. Die Wissenschaft hatte sich aber nicht aus Nordhausen zurückgezogen, sondern fand Ihre Bestimmung ab 1952 in Form der "Ingenieurschule für Landtechnik" auf dem Weinberg. Im Jahre 1956 erhielten die ersten 62 Ingenieure ihr Diplom.

Seit 1961 waren auch ausländische Studenten zugelassen. Im Jahr 1979 wurde dann das Studienkolleg mit dem Ziel eröffnet, in Nordhausen auch Ausländer auf ein Hochschulstudium vorzubereiten.

Die Fachschule überstand die Wiedervereinigung und wurde 1990 in den Interessenverband "Fachhochschule Thüringen" aufgenommen. Doch schon 1995 waren die Zukunftsperspektiven unklar - sollte die Schule geschlossen oder zur Fachhochschule ausgebaut werden? Diese Unsicherheit motivierte 27 Enthusiasten, den „Wissenschaftlichen Verein“ am 16. Januar 1995 wiederzubeleben und sich damit für den Hochschulstandort Nordhausen zu engagierten. Das Engagement aller Akteure mündete am 5. November 1997 in der Gründung der „Fachhochschule Nordhausen“ - seit 2015 „Hochschule Nordhausen“.

Heute fungiert der Verein als Bindeglied einerseits zwischen der Wissenschaft, insbesondere der Hochschule, und andererseits Wirtschaft und Gesellschaft in und um die Stadt Nordhausen.